Andrea Pinotti si è laureato in Filosofia presso l’Università degli Studi di Milano nel 1993, discutendo una tesi in Estetica. Si è successivamente perfezionato presso la Ludwig-Maximilians-Universität e lo Zentralinstitut für Kunstgeschichte di Monaco di Baviera (1994-95). Nel 1998 ha conseguito il dottorato in Filosofia all’Università degli Studi di Milano.
Ha quindi lavorato come assegnista di ricerca (1999-2002) presso il Dipartimento di Filosofia dell’Università degli Studi di Milano al progetto “Forma, simbolo e immagine. Estetica, scienza dell’espressione e filosofia della cultura nella scuola di Aby Warburg”. Ricercatore (2002-10), poi professore associato (2010-16), e infine ordinario (dal 2016) in Estetica, tiene dal 2004-2005 corsi regolari di Estetica e Teorie della rappresentazione e dell’immagine.
Fellow di numerose istituzioni internazionali (Italian Academy for Advanced Studies in America at Columbia University; École des Hautes Etudes en Sciences Sociales, Fondation Maison des Sciences de l’Homme, e Institut d’études avancées di Parigi; Warburg Institute di Londra; Zentrum für Literatur- und Kulturforschung di Berlino), è stato directeur de programme al Collège International de Philosophie di Parigi (2010-16).
Fra i suoi ambiti di ricerca si annoverano: le teorie dell’immagine e della cultura visuale; il rapporto tra estetica, teoria dell’arte e storia delle arti visive; l'esperienza dell'immagine nelle tecnologie di realtà virtuale e aumentata; le teorie della memoria collettiva e della monumentalità; l’estetica psicologica e fenomenologica; le teorie dell’empatia; la tradizione morfologica goethiana e i suoi sviluppi contemporanei.
È Principal Investigator dell'ERC-Advanced Grant “AN-ICON. An-Iconology: History, Theory, and Practices of Environmental Images” (2019-24), e dal 2021 Presidente del Comitato Scientifico della FMSH (Fondation Maison des Sciences de l’Homme) di Parigi.