Applicazione di tecniche PCR per l’identificazione della microflora tipica nella produzione di Panettone

La possibilità di estrarre DNA amplificabile di origine microbica direttamente da matrici alimentari sottoposte a trattamento termico potrebbe consentire l’identificazione delle specie presenti all’origine nel prodotto. Tale evenienza può comportare un impatto notevole sulla tracciabilità nella filiera dei prodotti cotti in cui hanno luogo fermentazioni microbiche. A tal scopo si è voluto verificare se, e fino a quale livello di concentrazione, sia possibile determinare la presenza e il tipo di microrganismi attraverso l’utilizzo di PCR direttamente da campioni di impasto per Panettone prima e dopo la cottura in forno. Per l’estrazione del DNA sono stati selezionati tre differenti protocolli; il grado di purezza ed integrità dell’acido nucleico ottenuto da campioni di madre, impasto finale e prodotto cotto sono stati valutati attraverso elettroforesi. La quantità di DNA estratta è correlata alla composizione delle matrici, in quanto alcune sostanze presenti sono in grado di interferire con la fase di estrazione riducendo il limite di rilevazione del segnale. Sugli estratti sono state poi sperimentate alcune tecniche PCR con differenti primers quali l’amplificazione 16S rDNA specie-specifica per la rilevazione di Lb. sanfranciscensis e l’amplificazione della regione spaziatrice ribosomiale ITS1-5.8S-ITS2 per la rilevazione di C. humilis e S. cerevisiae. Per i campioni non sottoposti a cottura (madri e impasti finali) è stato possibile ottenere segnali positivi inferiori, in media, di circa due cicli logaritmici rispetto a quelli determinati attraverso conte in piastra. Per i prodotti cotti i risultati ottenuti hanno evidenziato una frammentazione del DNA dovuta al drastico trattamento termico e all’effetto dell’acidificazione legata alla fermentazione batterica. Il disegno di primers che generano un prodotto di amplificazione di dimensioni ridotte (<200 bp) aumenta la probabilità di riuscita dell’amplificazione.