La maggior parte degli alimenti fermentati tradizionali, tra cui molti formaggi e salumi DOP, vini DOC e prodotti da forno a lievitazione naturale, sono ottenuti dalla trasformazione delle rispettive materie prime senza l¿adozione di alcun trattamento termico di risanamento. Conseguentemente in queste produzioni si sviluppa una microflora originaria, prevalentemente costituita da lieviti, batteri lattici, enterococchi, carnobatteri e Brocotrix, che concorre al conferimento delle caratteristiche sensoriali tipiche del prodotto finito. E¿ opinione comune tra i ricercatori che tali popolazioni contribuiscano anche al raggiungimento della sicurezza d¿uso dell¿alimento, grazie all¿attività preventiva e competitiva esplicata nei confronti di batteri patogeni. Con questo lavoro il nostro gruppo si prefigge l¿obiettivo di utilizzare come bio-indicatori di qualità e di tipicità alcune specie di microrganismi, rilevati nelle matrici alimentari considerate, al fine di verificare la conformità delle condizioni produttive rispetto a standard qualitativi ed eventualmente tracciare l¿autenticità di una produzione lungo la filiera. Da alcuni nostri studi preliminari si è confermata la presenza ed il ruolo di queste comunità autoctone nelle materie prime, a probabile dimostrazione dell¿evidenza di un legame con il territorio o con la matrice di isolamento, e negli innesti naturali impiegati nelle lavorazioni tradizionali, ove le operazioni tecnologiche comportino la selezione di alcune specie.
L¿applicazione di metodi molecolari basati su tecniche PCR, PFGE, sequenziamento di loci polimorfici risultano affidabili sia per il riconoscimento delle specie batteriche coinvolte, sia per la discriminazione a livello di ceppo all¿interno della stessa specie. Poiché risultati sperimentali hanno evidenziato la possibilità di una persistenza del ceppo nell¿ambiente del singolo produttore o dell¿area di produzione si ipotizza la possibilità di sviluppare protocolli che consentano il monitoraggio dell¿evoluzione delle popolazioni microbiche.