Obiettivo principale del progetto di ricerca è la creazione di una piattaforma genomica di ecotipi batterici che intervengono positivamente nelle produzioni alimentari o che in esse possono rappresentare un potenziale fattore di rischio. Le informazioni dettagliate su specie batteriche di interesse applicativo hanno consentono di mettere a punto metodiche specifiche per la loro rilevazione e per monitorarne la dinamica di sviluppo in matrici alimentari, nonché studiare i meccanismi di regolazione genica in specifici habitat e condizioni colturali. I dati ottenuti, integrati con i più complessi risultati relativi al sequenziamento genomico ed a esperimenti di trascrittomica, hanno permesso di acquisire importanti conoscenze riguardanti le presenza e l'espressione di fattori di virulenza nell'ambito dei microrganismi patogeni e di individuare e preservare nuovi ecotipi che possano rappresentare nuove colture d'avvio nell'ambito di nuovi o più mirati processi fermentativi. In specifico la ricerca ha riguardato lo studio di biotipi ascritti alle specie Lactococcus garvieae, Enterococcus italicus, E. faecium, Clostridium tyrobutyricum, C. sporogenes, Lactobacillus paracasei, L. rhamnosus, Bacillus cereus.