Le malattie virali causa di sindromi encefaliche degli equidi hanno una diffusione cosmopolita e determinano notevoli ripercussioni sullo stato di salute delle popolazioni animali, con un significativo impatto economico. Accanto a Equid herpesvirus 1 e 4 (EHV-1, EHV-4) sono importanti anche altri agenti virali, soprattutto per le loro implicazioni zoonosiche e per la rilevanza in termini di sanità pubblica: West Nile virus (WNV) e Borna disease virus (BDV). La sintomatologia comune rende difficile la diagnosi clinica differenziale, pertanto risultano indispensabili gli accertamenti di laboratorio. Sono disponibili metodi molecolari per la ricerca dei diversi virus che tuttavia non consentono una rapida diagnosi differenziale. L'identificazione simultanea di microrganismi può essere ottenuta mediante la tecnologia microarray, che permette di rilevare in un campione la presenza di diverse sequenze nucleotidiche specifiche. Il gruppo proponente sta già lavorando sulla messa a punto di un sistema microarray per l'identificazione simultanea di EHV-1, EHV-4, WNV e BDV, cresciuti in coltura cellulare (controlli positivi). Sono state disegnate le sonde oligonucleotidiche specifiche e messe a punto le fasi di spottaggio del vetrino e di preparazione dei campioni. L'acido nucleico (estratto mediante kit commerciali) è stato amplificato utilizzando metodiche di PCR o RT-PCR di letteratura, o originali, che utilizzano primer universali. La marcatura del DNA amplificato è stata effettuata tramite PCR mediante incorporazione del primer reverse marcato con una molecola fluorescente (Cy5), all'interno del prodotto di amplificazione. Sono state inoltre identificate valide condizioni di ibridazione, scansione e di analisi dei risultati. Il progetto proposto prevede l'ottimizzazione del sistema diagnostico descritto: in particolare si intende effettuare prove con campioni di campo, per definire la sensibilità e la specificità della metodica. Inoltre verranno disegnate ulteriori sonde oligonucleotidiche per l'identificazione dei ceppi principali di EHV-1, WNV e BDV, per una migliore caratterizzazione genetica di questi virus. Infine verrà sperimentato un altro sistema di preparazione e marcatura del campione, tramite una random PCR descritta in letteratura (e adattata anche come RT-PCR), che evita il ricorso a PCR specifiche, consentendo di amplificare il materiale genetico di qualunque virus presente in un campione. Tale sistema di amplificazione utilizza una marcatura che prevede l'incorporazione di nucleotidi, marcati con Cy5, nel prodotto di amplificazione. L'obiettivo principale del progetto è l'ottimizzazione del sistema di microarray per l'identificazione e la caratterizzazione genetica dei principali virus causa di forme neurologiche nel cavallo in un'unica sessione di analisi, abbreviando i tempi per la diagnosi e consentendo l'immediata introduzione di misure di controllo delle patologie descritte.