La caraterizzazione delle cellule staminali è una delle frontiere più avanzate dell¿odierna biologia. In particolare, le cellule staminali epiteliali della cute sono state fra le prime isolate, studiate. Un notevole passo avanti nella comprensione della biologia di queste cellule è rappresentato dalla identificazione di un master gene che le identifica: p63, una proteina regolata durante lo sviluppo, correlata al soppressore tumorale p53. Nonostante la quantità di informazioni sulla struttura, funzione, espressione e sugli effetti delle mutazioni di p63, la nostra conoscenza di reali target genomici e dei geni attivati e repressi rimane estremamente rudimentale. Tramite esperimenti di siRNA di p63 in cellule di cheratinociti HaCat uniti a esperimenti di profilino Affymetrix, abbiamo identificato numerosi geni target di p63, successivamente validati. Vogliamo ora identificare i geni che sono regolati dai fattori trascrizionali i cui geni sono regolati da p63. Sia C/EBPdelta che HBP1, infatti, sono espressi in un sistema di cellule epiteliali del limbo corneale in cellule p63-positive, il che indica che siano marcatori di staminalità al pari di p63. Tuttavia, dei geni target di questi due fattori si sa molto poco, e la loro caratterizzazione è chiaramente necessaria per ricostruire i complessi network trascrizionali che regolano il differenziamento dei cheratinociti umani.
La prova definitiva per dimostrare che un gene è direttamente regolato da un determinato fattore trascrizionale è quella di mostrare l¿effettivo legame del fattore a una sequenza regolativa importante di un determinato gene in vivo. Per ottenere questo, è stata messa a punto una tecnica molto sensibile e specifica -l¿immunoprecipitazione della cromatina o ChIP- che permette di studiare le interazioni proteina-DNA in vivo. La ChIP può essere unita alla possibilità di utilizzare vetrini contenenti frammenti di DNA genomico (1); ciò permette di identificare direttamente mediante ibridazione le regioni legate in vivo da specifici fattori trascrizionali. Tutti i reagenti ¿anticorpi altamente specifici, vetrini sono a disposizione per effettuare questi esperimenti per HBP1 e C/EBPdelta, che si prevedono lunghi e complessi.