Accertamenti diagnostici di infezioni fungine opportunistiche e tipizzazione intraspecifica dei funghi d¿importanza medica mediante metodiche molecolari
Progetto Lo sviluppo di infezioni fungine invasive è considerato un problema emergente in soggetti con sistema immunitario deficitario. Candida spp rappresenta il terzo/quarto patogeno per frequenza responsabile di infezioni nosocomiali ematiche. Sebbene siano state documentate contaminazioni esogene, il 50-70% delle infezioni è di origine endogena. Per poter migliorare il trattamento e la prevenzione di queste infezioni sono necessari studi epidemiologici volti all¿identificazione e al confronto dei ceppi isolati per la determinazione della fonte di infezione o, in caso di infezione ricorrente/persistente, stabilire se si tratti dello stesso ceppo o di uno nuovo o se coesistano ceppi differenti.
Inoltre, la diagnosi precoce di infezione fungina invasiva è importante per approntare una terapia specifica mirata. Sebbene le infezioni da lieviti siano tra le più frequenti ed importanti cause di morbosità in numerose condizioni patologiche di base, le infezioni causate da funghi filamentosi, soprattutto quelle sostenute da zigomiceti, sono correlate ad un alto tasso di mortalità. Tra i nostri obiettivi di ricerca rientra quello di amplificare mediante PCR DNA fungino direttamente da campioni clinici significativi (sangue, liquor, biopsie) per pervenire ad una diagnosi di micosi invasiva in tempi brevi.
La PCR per il rilevamento di DNA fungino di muffe a micelio asettato (zigomiceti) sarà messa a punto utilizzando diverse coppie di primers derivanti da regioni altamente conservate dei geni in multicopia 5.8S rRNA, 18S rRNA e 28S rRNA. L¿obiettivo principale è quello di riuscire a mettere a punto un sistema in grado di rilevare la presenza degli zigomiceti direttamente nel campione clinico, possibilmente sangue o prelievi poco invasivi, con elevata sensibilità e specificità.
Inoltre, laddove necessario, sarà eseguita la tipizzazione dei ceppi isolati mediante multilocus sequence typing ¿ MLST, tecnica altamente riproducibile. Questo metodo si basa sull¿analisi del polimorfismo nucleotidico di sequenze di 500-700 paia di basi di frammenti interni (loci) di geni housekeeping, mediante amplificazione e successiva sequenza. L¿MLST ha un alto potere discriminante e permette di confrontare dati provenienti anche da laboratori diversi, rafforzandone il significato epidemiologico.