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  1. Projects

Simulazione meccanico-statistica dell'interazione acqua-biomolecole

Project
L'attività di ricerca che si conta di sviluppare riguarderà: A) il completamento dello studio del comportamento strutturale e dinamico in acqua del "polimero intelligente" pNIPAam e di due suoi copolimeri includenti co-monomeri derivati da aminoacidi. Recenti esperimenti dimostrano che la "lower critical solution temperature" (LCST) ne viene influenzata in modo marcato modulandone le caratteristiche di sensore. Simulazioni di notevole lunghezza condotte a temperature inferiori e superiori alla LCST sono in fase di avanzata analisi per l'identificazione dei meccanismi molecolari che regolano la transizione di fase di questi polimeri. B) Lo studio del ruolo dell'amino acido prolina nel comportamento fisico in soluzione acquosa di tripeptidi bioattivi (IPP e VPP), di notevole interesse farmacologico. Infatti, a differenza degli altri amino acidi naturali, il legame peptidico della prolina si presenta in due stati caratterizzati da una modesta differenza energetica ma separati da una rilevante barriera. Lo studio tenderà a caratterizzare la popolazione degli isomeri cis e trans in acqua mediante valutazione di energia libera, nonché loro proprietà stereodinamiche anche in altri solventi comunemente usati negli esperimenti. C) Il completamento dello studio del tripeptide "chemoattractant" PGP tendente a stabilire una gerarchia di interazione con esso di tripeptidi selezionati secondo la teoria molecolare di riconoscimento (MRT). Da recenti lavori sperimentali è risultato il notevole interesse biomedico di questo tripeptide la cui presenza sembra innescare la risposta dell'organismo ad una sostanza nociva attraverso il richiamo di neutrofili. Tale reazione può però avere effetti più disastrosi di quelli derivanti dalla minaccia esterna. E' stato quindi sottolineato l'interesse di sintetizzare tripeptidi che aggregandosi al PGP ne neutralizzino il relativo segnale di trigger. Numerose simulazioni MD sono in corso di analisi statistica. I risultati saranno confrontati con quelli di misure CD e VCD da effettuare in collaborazione con la sezione di Fisica Medica dell'Università di Brescia.
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Academic Signature

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Academic Signature (4)

Molecular Dynamics Simulation
Computer Simulation
Proline
Imino Acids
Molecular Dynamics Simulation
Models, Molecular
Molecular Dynamics Simulation
Molecular Structure

Overview

Type

PUR20062008 - PUR 2006-2008

Date/time interval

May 19, 2008 -
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