Background: I microarrangiamenti strutturali del genoma, che si traducono in variazioni del numero di copie (CNVs), contribuiscono, insieme ai polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs), alla variabilita' genomica tra i diversi individui. I CNVs comprendono delezioni, inserzioni e duplicazioni di dimensioni comprese tra 1 Kb fino a diverse Mb per evento e rappresentano una significativa frazione del genoma. In più della metà dei casi essi vanno a sovrapporsi a geni codificanti per proteine appartenenti a diverse classi funzionali arricchite in CNVs. E' inoltre emerso che molti geni associati a malattie o geni di suscettibilita' si trovano in regioni del genoma che contengono CNVs. Una delle tematiche attualmente di maggiore interesse è la comprensione dei meccanismi attraverso cui i CNVs, siano essi varianti comuni o varianti individuali rare, possano costituire il substrato genetico di malattie complesse come la schizofrenia. E' infatti stata di recente riportata la presenza in soggetti schizofrenici di CNVs in geni implicati nella neurotrasmissione glutammatergica, che è noto essere profondamente alterata nella patologia. Oltre a queste varianti comuni, sta emergendo l'importanza che può rivestire la costellazione individuale di CNVs rari che interessano in particolare geni espressi durante lo sviluppo del sistema nervoso centrale. Date queste premesse ci poniamo come obiettivo di rilevare con uno studio pilota esplorativo i CNVs che conferiscono suscettibilità alla schizofrenia utilizzando un campione di individui comprendente sia soggetti schizofrenici che normali.
Scopo del Progetto:1) studio del pattern di CNVs in un campione costituito da 300 soggetti, 150 schizofrenici e 150 controlli sani 2) Rilevamento dei CNVs associati a schizofrenia Pazienti: 300 soggetti, 150 schizofrenici e 150 controlli sani Metodi:1) estrazione del DNA da sangue 2) caratterizzazione genetica con Chip Illumina (Human 1M-Duo) in cui sono rappresentati 1 milione di SNPs, di cui circa 55000 mappano in regioni note come regioni di CNVs.
Analisi dei dati: QuantiSNP, un nuovo algoritmo basato su un HMM (hidden markov model) bayesiano in grado di evidenziare variazioni nel numero di copie con grande accuratezza e di definire i breakpoint (le estremità di tali regioni) con una buona affidabilità.
I valori di intensità di fluorescenza sono proporzionali alla quantità di DNA genomico, quindi gli SNPs che mappano in regioni duplicate o delete mostreranno rispettivamente un segnale aumentato o ridotto rispetto alle regioni normali. Per rilevare variazioni del numero di copie QuantiSNP utilizza due parametri in maniera combinata: il Log R ratio (che è una misura delle intensità di flurescenza combinate relative ai due alleli) e la B allele frequency (che rappresenta il rapporto tra i segnali fluorescenti di una sonda allelica rispetto all¿altra).Statistica: associazione dei CNVs con schizofrenia.