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  1. Projects

Simulazione meccanico-statistica dell'interazione acqua-biomolecole

Project
Si conta di sviluppare l'attivita' di ricerca secondo le seguenti linee: a) Studio di soluzioni acquose di peptidi di enterostatina. Di una delle forme (APGPR) di enterostatina, che in natura e¿ presente come pentapeptidi aventi come secondo, quarto e quinto residuo rispettivamente due proline e una arginina, e¿ stata recentemente messa in luce un¿azione sul sistema nervoso centrale che induce potenziamento della memoria. Appare quindi interessante esplorare proprieta¿ strutturali e dinamiche di questo e dell¿altro pentapeptide piu¿ frequente (VPGPR) in soluzione acquosa. Dal punto di vista molecolare, la rilevanza di questo studio deriva anche nel fatto che, unico tra gli aminoacidi, la prolina puo¿ formare anche isomeri di tipo cis con i residui contigui anziche¿ solo di tipo trans. Valutando l¿energia libera dei quattro isomeri di ognuno dei due pentapeptidi sara¿ possibile stimarne le popolazioni relative in acqua. b) Studio simulativo degli isomeri del chemoattractant PGP. L¿N-acetyl-PGP e¿ un tripeptide che viene prodotto dalla degradazione di proteine e che di recente e¿ stato dimostrato sperimentalmente essere coinvolto come chemoattractant di neutrofili e quindi come trigger della risposta dell¿organismo ad eventi di tipo infiammatorio (per es. nell¿occhio o nei polmoni) che a volte puo¿ essere piu¿ virulenta della causa esterna che l¿ha innescata. Si conta di esplorare la possibilita¿ di prevedere tripeptidi complementari che associandosi al PGP ne possano mitigare l¿azione. A tale scopo verra¿ messa a punto un¿opportuna strategia basata su simulazione MD con solvente implicito ed esplicito. c) Studio della struttura conformazionale di un ¿polimero intelligente¿ e di suoi copolimeri. pNIPAam e¿ uno ¿smart polymer¿ termoresponsivo che in acqua presenta una transizione reversibile con una ¿lower critical solution temperature¿ (LCTS) di circa 32 °C. Tale valore e¿ modulabile tramite l¿introduzione di comonomeri. In particolare sono state recentemente effettuate misure sperimentali sull¿effetto della presenza di comonomeri derivati da valina e da isoleucina. Si conta di intraprendere un¿indagine simulativa per delucidare aspetti microscopici alla base del comportamento fisico di tali copolimeri.
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Academic Signature

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Academic Signature (3)

Molecular Dynamics Simulation
Computer Simulation
Molecular Dynamics Simulation
Models, Molecular
Molecular Dynamics Simulation
Molecular Structure

Overview

Type

PUR20062008 - PUR 2006-2008

Date/time interval

April 13, 2007 -
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