Studio della regione cromosomica 1q25 nella Sclerosi Multipla: influenza dell¿assetto genetico delle molecole d¿adesione sulla suscettibilità alla patologia e correlazione fenotipica delle varianti genetiche tramite studi funzionali in silico e saggi di espressione
ProjectLa Sclerosi Multipla (SM) è una patologia multifattoriale determinata da una risposta autoimmune diretta contro le proteine della mielina in soggetti geneticamente predisposti.
Studi epidemiologici e analisi di famiglie hanno confermato la presenza di fattori di suscettibilità genetica localizzati sul tratto cromosomico 1q, regione già precedentemente associata ad altre patologie di tipo autoimmune.
In tale locus si trovano clusterizzati i geni che codificano per le selectine (P-selectina, E-selectina, L-selectina), molecole d¿adesione coinvolte nel reclutamento linfocitario nel parenchima cerebrale, caratteristica patogenetica che rappresenta un momento centrale per l¿induzione della SM.
A livello genetico due SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) nella E-selectina sono stati proposti come fattori di rischio per patologie di tipo cardiovascolare. Studi preliminari condotti nel nostro laboratorio focalizzati sullo screening di una popolazione SM per tali SNPs hanno permesso di identificare determinati assetti genotipici in grado di influenzare il decorso della patologia. Quindi, uno studio più accurato, eseguito mediante l¿utilizzo di un maggior numero di marcatori genetici nel cluster delle selectine, seguito da un¿accurata analisi funzionale, potrebbe essere utile nell¿identificare nuovi aplotipi in grado di influenzare la suscettibilità o la severità della patologia.
L¿obiettivo principale della ricerca verte sulla caratterizzazione genotipica del cluster 1q23-25 codificante per le selectine in modo da identificare l¿assetto genetico in grado di conferire una maggior predisposizione allo sviluppo della patologia. Si valuterà inoltre l¿influenza di tali SNPs sull¿espressione e la funzionalità proteica mediante saggi in silico per le varianti missenso e di espressione per quelle nella regione del promotore.
In tale ambito ci si propone quindi i seguenti obiettivi specifici:
Reclutamento pazienti: verranno reclutati almeno 300 pazienti con diagnosi di SM e un gruppo di controllo costituito da uno stesso numero di soggetti sani e di pari età.
Identificazione di aplotipi maggiormente ricorrenti nel cluster genetico delle selectine.
A tal riguardo saranno testati 15 SNPs distribuiti nella regione cromosomica che comprende i tre geni delle selectine, di cui 3 localizzati nelle regioni promotrici, 9 varianti missenso e 3 introniche.
Analisi funzionale in silico: l¿influenza delle varianti missenso sulla funzionalità proteica sarà studiata mediante l¿impiego del Sorting Intolerant From Tolerant (SIFT v.2) software, in grado di predire la severità di un cambiamento amminoacidico causato da un SNP.
Saggi di espressione: l¿influenza trascrizionale di SNPs localizzati nella del promotore dei geni in esame verrà testata tramite saggi di espressione in PCR Real Time quantitativa su cDNA ricavato delle cellule della banda monolinfocitaria isolate da una coorte di pazienti e di controlli.
Studi epidemiologici e analisi di famiglie hanno confermato la presenza di fattori di suscettibilità genetica localizzati sul tratto cromosomico 1q, regione già precedentemente associata ad altre patologie di tipo autoimmune.
In tale locus si trovano clusterizzati i geni che codificano per le selectine (P-selectina, E-selectina, L-selectina), molecole d¿adesione coinvolte nel reclutamento linfocitario nel parenchima cerebrale, caratteristica patogenetica che rappresenta un momento centrale per l¿induzione della SM.
A livello genetico due SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) nella E-selectina sono stati proposti come fattori di rischio per patologie di tipo cardiovascolare. Studi preliminari condotti nel nostro laboratorio focalizzati sullo screening di una popolazione SM per tali SNPs hanno permesso di identificare determinati assetti genotipici in grado di influenzare il decorso della patologia. Quindi, uno studio più accurato, eseguito mediante l¿utilizzo di un maggior numero di marcatori genetici nel cluster delle selectine, seguito da un¿accurata analisi funzionale, potrebbe essere utile nell¿identificare nuovi aplotipi in grado di influenzare la suscettibilità o la severità della patologia.
L¿obiettivo principale della ricerca verte sulla caratterizzazione genotipica del cluster 1q23-25 codificante per le selectine in modo da identificare l¿assetto genetico in grado di conferire una maggior predisposizione allo sviluppo della patologia. Si valuterà inoltre l¿influenza di tali SNPs sull¿espressione e la funzionalità proteica mediante saggi in silico per le varianti missenso e di espressione per quelle nella regione del promotore.
In tale ambito ci si propone quindi i seguenti obiettivi specifici:
Reclutamento pazienti: verranno reclutati almeno 300 pazienti con diagnosi di SM e un gruppo di controllo costituito da uno stesso numero di soggetti sani e di pari età.
Identificazione di aplotipi maggiormente ricorrenti nel cluster genetico delle selectine.
A tal riguardo saranno testati 15 SNPs distribuiti nella regione cromosomica che comprende i tre geni delle selectine, di cui 3 localizzati nelle regioni promotrici, 9 varianti missenso e 3 introniche.
Analisi funzionale in silico: l¿influenza delle varianti missenso sulla funzionalità proteica sarà studiata mediante l¿impiego del Sorting Intolerant From Tolerant (SIFT v.2) software, in grado di predire la severità di un cambiamento amminoacidico causato da un SNP.
Saggi di espressione: l¿influenza trascrizionale di SNPs localizzati nella del promotore dei geni in esame verrà testata tramite saggi di espressione in PCR Real Time quantitativa su cDNA ricavato delle cellule della banda monolinfocitaria isolate da una coorte di pazienti e di controlli.