Analisi cristallografica e funzionale di una ¿emoglobina troncata¿ del gruppo III di Campylobacter jejuni.
Project Le ¿emoglobine troncate¿ (trHb) sono strutturamente correlate alle Hb classiche (<20% seq.id), e ridotte del 20-30% nelle loro dimensioni complessive. Le trHb assumono un fold globin-like, ridotto essenzialmente a 4 alfa-eliche, che avvolgono il gruppo eme. Le trHb possono legare O2, CO e NO, svolgendo in vivo funzioni molto diverse: per trHbN da M. tuberculosis i nostri ed altrui studi indicano un'attività NO-diossigensica, a difesa dallo stress nitrosativo dei macrofagi. Le trHb si dividono in tre sottogruppi. Abbiamo caratterizzato tre trHbN del gruppo I, e due proteine del gruppo II (trHbO di M. tuberculosis e di A. tumefaciens); informazioni sul gruppo III sono invece totalmente assenti.
La ricerca FIRST qui presentata riguarda la determinazione della struttura 3D di una trHb del gruppo III, di Campylobacter jejuni, un patogeno microaerofilo responsabile di gravi infezioni gastro-intestinali nell'uomo. L'analisi delle sequenze indica che per le trHb del gruppo III ci si può attendere una sostanziale modifica del fold precedentemente scoperto. Le identità di sequenza con in gruppi I e II sono ridotte a meno del 20%, e mancano motivi strutturali che stabilizzano il fold a 4 alfa-eliche sopra citato.
Abbiamo cresciuto cristalli della trHbP di C. jejuni, in due modificazioni cristalline. Intendiamo risolvere la struttura della proteina per sondare i meccansimi di riconoscimento/discriminazione dei ligandi naturali nella cavità distale dell'eme. Lo studio programmato fornirà le prime indicazioni sul fold delle trHb del gruppo III, oltre ad indicazioni evolutive per la famiglia delle trHb. Verranno correlate le proprietà funzionali (costanti di equilibrio e cinetiche per ligandi) con le prorprietà strutturali, verificando se sia disponibile il tunnel per la diffusione dei ligandi dal solvente all'eme, attraverso la matrice proteica, presente nei gruppi I e II.
La ricerca FIRST qui presentata riguarda la determinazione della struttura 3D di una trHb del gruppo III, di Campylobacter jejuni, un patogeno microaerofilo responsabile di gravi infezioni gastro-intestinali nell'uomo. L'analisi delle sequenze indica che per le trHb del gruppo III ci si può attendere una sostanziale modifica del fold precedentemente scoperto. Le identità di sequenza con in gruppi I e II sono ridotte a meno del 20%, e mancano motivi strutturali che stabilizzano il fold a 4 alfa-eliche sopra citato.
Abbiamo cresciuto cristalli della trHbP di C. jejuni, in due modificazioni cristalline. Intendiamo risolvere la struttura della proteina per sondare i meccansimi di riconoscimento/discriminazione dei ligandi naturali nella cavità distale dell'eme. Lo studio programmato fornirà le prime indicazioni sul fold delle trHb del gruppo III, oltre ad indicazioni evolutive per la famiglia delle trHb. Verranno correlate le proprietà funzionali (costanti di equilibrio e cinetiche per ligandi) con le prorprietà strutturali, verificando se sia disponibile il tunnel per la diffusione dei ligandi dal solvente all'eme, attraverso la matrice proteica, presente nei gruppi I e II.