Studio dei fattori che guidano l'evoluzione della quasispecie di HCV nell'ospite immunocompromesso
Project Introduzione: Il virus dell¿epatite C (HCV) è caratterizzato da un'elevata variabilità genetica. In particolare il tratto HVR-1 (regione ipervariabile 1) è riconosciuto da anticorpi neutralizzanti: il continuo emergere di varianti (quasispecie) in quella regione consente al virus di sfuggire alla risposta immune dell¿ospite.
A tutt¿oggi restano da chiarire i meccanismi che determinano l¿eterogeneità della quasispecie nel singolo paziente: fattori virali, quali il genotipo, fattori relativi all¿ospite quali la pressione immune, o casuali, quali il tempo trascorso dall¿infezione.
Obiettivo: Scopo del presente progetto è studiare il ruolo della pressione selettiva esercitata dalla risposta immune nel guidare l¿evoluzione della quasispecie di HCV. Lo studio sarà focalizzato sull¿ospite immunocompromesso a diversi gradi di severità, quali i pazienti HIV/HCV coinfetti e i pazienti HCV positivi con patologia extraepatica (linfoproliferativa).
Metodologia: Saranno inclusi circa 30 pazienti HIV/HCV coinfetti a diverso grado di compromissione immune; un gruppo di pazienti HCV positivi con linfoma e/o crioglobulinemia (almeno 20) e un gruppo di controlli (30) HCV positivi senza HIV e senza patologia extraepatica. Per ogni soggetto in studio saranno prelevati almeno due campioni di sangue successivi: uno all¿inizio dello studio e uno dopo almeno 6 mesi/ 1 anno.
L¿analisi della quasispecie verrà condotta mediante sequenziamento dell¿envelope virale. Sarà anche effettuata la determinazione della pressione selettiva sito-specifica.
Recentemente sono stati sviluppati metodi basati sulla teoria della coalescenza che consentono di inferire dati demografici/epidemiologici di un¿infezione virale a partire dall¿analisi filogenetica di sequenze ottenute da un campione. L¿applicazione di tali metodi allo studio della quasispecie virale potrà dare importanti informazioni sull¿evoluzione della stessa nel paziente e suggerire possibili meccanismi evolutivi.