STUDIO EPIGENETICO DEL GENE CREBBP IN PAZIENTI CON SINDROME DI RUBINSTEIN-TAYBI NEGATIVI AD ALTERAZIONI CITOGENETICO-MOLECOLARI
Progetto La sindrome di Rubinstein-Taybi (RSTS, OMIM 180849) è una patologia malformativa rara (1/125.000) su base genetica, a trasmissione autosomica dominante, caratterizzata da ritardo mentale e di crescita, malformazioni scheletriche (alluci e pollici larghi), tipici dismorfismi e un aumentato anche se non ben documentato rischio di sviluppare tumori. E' noto che microdelezioni cromosomiche che includono il gene CREBBP o CBP, localizzato nella banda 16p13.3 e sue mutazioni molecolari sono associate a RSTS con una frequenza del 56%. Oltre che in RSTS CBP risulta coinvolto in alcuni tumori, ed un ruolo di oncosoppressore è stato al riguardo formulato. Di recente è emersa un'eterogeneità di loci per RSTS poiché sono stati descritti pazienti, negativi allo screening mutazionale di CBP, con mutazioni in un secondo gene, EP300 localizzato in 22q13.2, molto simile a CBP le cui mutazioni tuttavia rendono conto di una minima frazione (3%) di casi.
L'attività di ricerca presentata si basa sull'inquadramento diagnostico-molecolare di un'ampia casistica di pazienti RSTS. La caratterizzazione genetica è effettuata mediante FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) per accertare/escludere delezioni delle regioni 16p13.3 (presenti nel 10% dei pazienti) e 22q13.2, e quindi screening dell'intera sequenza codificante del gene CBP mediante DHPLC e sequenziamento diretto. I pazienti negativi all'indagine citogenetico-molecolare sono sottoposti ad analisi array-CGH (Comparative Genomic Hybridization) al fine di verificare la presenza di duplicazioni/delezioni di regioni indicative di nuovi geni candidati. Questo approccio genomico ha evidenziato regioni che meritano ulteriori approfondimenti per l'identificazione di geni RSTS, ma solo in una piccola frazione di pazienti negativi ai precedenti test.
Con il presente progetto ci si propone di verificare la presenza e incidenza di epimutazioni (alterazioni del profilo di metilazione del DNA che non comportano alterazioni di sequenza) che potrebbero concorrere a RSTS determinando un'alterazione dell'espressione (silenziamento) del gene CBP. Lo studio prevede l'analisi dello stato di metilazione del promotore di CBP (che analisi in silico indicano particolarmente ricco di isole CpG) sui pazienti negativi ai precedenti test. L'analisi sarà estesa a campioni tumorali di pazienti RSTS, al fine di verificare il coinvolgimento di epimutazioni di CBP anche a livello di oncogenesi. Infatti in alcuni pazienti è attuata una sorveglianza oncologica mirata alla precoce identificazione dello sviluppo di epiteliomi di Malherbe (preferenzialmente associati alla sindrome).
L'ampia casistica reclutata costituisce uno strumento ideale per identificare nuovi meccanismi patogenetici e per effettuare uno studio di correlazione genotipo-fenotipo da cui potrebbero emergere indicazioni sulla predittività di diversi tipi di mutazioni della gravità e decorso della malattia.