Analisi della variabilità genetica della proteina dell'envelope E2 di virus della diarrea virale bovina (BVDV)

Presupposti La continua mutazione degli epitopi immunogenetici costituisce un'importante strategia virale per eludere la risposta immunitaria dell'ospite, in seguito ad infezione o vaccinazione, e persistere nella popolazione. Per quanto riguarda BVDV e più in generale i pestivirus, la maggiore variabilità genetica ed antigenica è localizzata a livello di regione codificante la glicoproteina dell'envelope E2. Tale proteina, principale bersaglio della risposta immunitaria umorale, riveste un ruolo chiave nel ciclo replicativo virale nella fase di adesione ed ingresso nelle cellule. La manipolazione genetica di tale proteina, ad esempio attraverso la produzione di virus chimera, e l'utilizzo di infezioni in vitro rappresentano gli approcci metodologici applicati per lo studio di E2 che hanno permesso di definire il suo ruolo a livello di tropismo e recettività cellulare. In base alle precedenti considerazioni, E2 rappresenta la regione target per individuare i siti sottoposti a pressione selettiva evolutiva. A tal fine è necessaria l'analisi di sequenze quanto più complete e sovrapponibili. Ad oggi l'analisi delle variabilità genetica di E2 è stata principalmente finalizzata ad ottenere una migliore segregazione tassonomica dei sottogruppi virali, in aggiunta alle regioni d'elezione, rappresentate dal tratto 5' non codificante (5' UTR) e Npro. Il differente valore delle regioni a livello tassonomico è testimoniato dal numero di sequenze depositate in banca dati: delle 2051 complessive, 377 sono rappresentate da sequenze di E2, di cui solo 29 complete. Descrizione - messa a punto del protocollo biomolecolare di amplificazione e sequenziamento di E2 in stipiti di referenza di BVDV, a sequenza nota; - applicazione a ceppi di campo caratterizzati a livello di regione 5' UTR e collezionati dal 1995 al 2008 in allevamenti italiani di bovine da latte, caratterizzati da differenti quadri clinici e tipologie gestionali; - estensione dell'analisi a più stipiti virali dello stesso allevamento nel caso di ceppi isolati da soggetti di età diversa (vitelli, manze, vacche) e/o prelievi successivi nel tempo dello stesso soggetto; - analisi della pressione selettiva delle sequenze ottenute. Obiettivi - Sorveglianza di nuove varianti virali. - Valutazione della variabilità genetica in relazione a fattori quali sintomatologia, utilizzo di vaccinazione ed esposizione al rischio di introduzione in allevamento. - Variabilità temporale a livello di animale ed allevamento. - Identificazione di codoni sottoposti a pressione selettiva positiva. - Significato della variabilità rispetto all'attendibilità delle metodologie diagnostiche e alle misure di profilassi vaccinale.