Studio delle relazioni tra microarrangiamenti strutturali del genoma (CNVs) e risposta ad una terapia antiipertensiva.
Progetto Background: I microarrangiamenti strutturali del genoma, che si traducono in variazioni del numero di copie (CNVs), contribuiscono, con i polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs), alla variabilita' genomica nell'uomo. I CNVs comprendono delezioni, inserzioni e duplicazioni di dimensioni comprese tra 1Kb fino a diverse Mb per evento, non sono cosi' numerosi come le SNPs ma rappresentano una significativa frazione del genoma.
Alcune categorie funzionali di geni sembrano particolarmente arricchite in CNVs e molti geni associati a malattie o geni di suscettibilita' a malattie sono stati trovati in regioni del genoma che contengono CNVs. Le malattie complesse, causate dall'effetto combinato di molte varianti di suscettibilita' nel DNA possono essere associate a CNVs. Geni che subiscono delezioni o duplicazioni possono inoltre essere soggetti a variazioni importanti del loro livello di espressione.
Circa la meta' dei segmenti di CNVs riportati in letteratura vanno a sovrapporsi a geni che codificano per proteine con diverse funzioni.
Se da una parte sono state accertate le associazioni tra fenotipo e SNPs in enzimi del metabolismo dei farmaci, tuttavia si ritiene che le SNPs da sole non possano spiegare completamente la variabilita' individuale in termini di efficacia, metabolismo e/ o tossicita' e che per questo sia necessario considerare altri aspetti della variabilita' genomica. I CNVs sono una classe di varianti genetiche distinte dalle SNPs che sembrano promettenti per nuove applicazioni di farmacogenomica.
Scopo del Progetto: 1) studio del pattern di CNVs in 200 soggetti ipertesi in terapia antiipertensiva con diuretico tiazidico, 2) valutazione delle relazioni con la risposta antiipertensiva.
Pazienti: 200 ipertesi precedentemente mai trattati.
Terapia: 25mg idroclorotiazide, monoterapia per 2 mesi.
Fenotipo: delta MBP dopo 2 mesi di trattamento.
Metodi: 1) estrazione DNA da sangue nei soggetti trattati 2) caratterizzazione genetica con Chip Illumina (Infinium Human CNV-12 V1) in cui sono rappresentati 55.000 SNPs in regioni note come regioni di CNVs. Per le analisi: QuantiSNP, un nuovo algoritmo basato su un HMM (hidden markov model) bayesiano in grado di evidenziare variazioni nel numero di copie con grande accuratezza e di definire i breakpoint (le estremità di tali regioni) con una buona affidabillità.
I valori di intensità di fluorescenza sono proporzionali al numero di copie di DNA genomico, quindi gli SNPs che mappano in regioni duplicate o delete mostreranno rispettivamente un segnale aumentato o ridotto rispetto alle regioni normali. Per rilevare variazioni del numero di copie QuantiSNP utilizza due parametri in modo combinato: il Log R ratio (che è una misura delle intensità di flurescenza combinate relative ai due alleli) e la B allele frequency (che rappresenta il rapporto tra i segnali fluorescenti di una sonda allelica ripetto all'altra).
Statistica: associazione CNVs/fenotipo quantitativo (delta MBP).