Caratterizzazione genetica di ceppi di Escherichia coli isolati da vitelli mediante microarray miniaturizzati
Progetto E. coli è un batterio comunemente presente nel tratto intestinale dell'uomo e degli animali. Alcuni ceppi hanno acquisito caratteristiche specifiche di virulenza, e rappresentano i principali responsabili di una vasta gamma di infezioni che colpiscono l'uomo e gli animali. Le combinazioni dei fattori di virulenza più stabili costituiscono i patotipi specifici di E. coli, responsabili di malattia. Sei patotipi causano malattie enteriche, mentre le infezioni a carico delle vie urinarie, le mastiti e le meningiti sono imputabili a patotipi appartenenti al gruppo di coli patogeni extra-intestinali (ExPEC). E. coli rappresenta una causa molto comune di diarrea neonatale e di setticemia nei vitelli, e causa pertanto significative perdite economiche nel comparto zootecnico. Negli ultimi anni si è assistito inoltre allo sviluppo di ceppi multiresistenti di E. coli in vitelli colpiti da diarrea neonatale. La diffusione dell'antibiotico-resistenza in ambito veterinario e zootecnico può rappresentare un rischio anche per la salute umana, in quanto ceppi resistenti possono essere trasferiti all'uomo attraverso alimenti di origine animale. La comparsa del fenomeno della multidrug resistance tende a ridurre ulteriormente la possibilità di intervenire con un trattamento efficace. Il presente progetto si propone di effettuare la caratterizzazione molecolare di ceppi di E. coli isolati da vitelli afferenti all'Ospedale Veterinario di Lodi, e già oggetto di uno studio di valutazione epidemiologica delle diarree neonatali. A tale scopo sono stati previsti l'isolamento di ceppi di E. coli mediante tecniche di batteriologia classica, sia a partire da feci di animali ricoverati che da organi extra-intestinali di soggetti deceduti. Saranno anche effettuati prelievi da animali asintomatici per isolare ceppi non patogeni di controllo. I fattori di virulenza e le caratteristiche genotipiche dei fattori di antibiotico-resistenza verranno analizzati mediante un sistema basato sulla tecnica dei microarrays miniaturizzati, a partire dal DNA genomico estratto dalle colonie batteriche isolate. I risultati relativi all'antibiotico-resistenza saranno confrontati con i dati fenotipici (pattern di sensibilità, MIC). Il sistema utilizzato consentirà di individuare 46 geni di virulenza e 47 geni di antibiotico-resistenza, con particolare riferimento agli antibiotici di utilizzo più comune nella pratica clinica veterinaria. I risultati della ricerca consentiranno di ottenere un quadro attendibile sulla frequenza e sulle caratteristiche dei principali patotipi responsabili di patologie enteriche e di setticemie nei vitelli, e sulla frequenza del fenomeno di antibiotico-resistenza nei soggetti affetti da diarrea neonatale. Il monitoraggio della selezione dei patotipi e dei ceppi multiresistenti consentirà di affrontare efficacemente il problema igienico-sanitario negli allevamenti di una zona ad alta vocazione zootecnica, e di valutare il potenziale rischio zoonosico per l'uomo.