Sintesi e studi di NMR di oligonucleotidi modificati e di loro complessi con sostanze a potenziale carattere antitumorale. Sintesi di oligonucleotidi-peptido coniugati.

In un programma di collaborazione con il gruppo spagnolo del Prof. Ramon Eritja (Instituto de Biologia Molecular de Barcelona, C.S.I.C) è stata studiata la stabilità di alcuni oligodesossinucleotidi modello (T9, T4CT4, T4AT4 and T4GT4) all¿acido trifluoroacetico (TFA). Il TFA è comunemente usato nella deprotezione finale nella sintesi di peptidi che utilizza ammino acidi protetti con Fmoc. Sono stati effettuati esperimenti di stabilità nelle condizioni di rimozione del gruppo t-butile delle sequenze oligonucleotidiche sopra indicate. Oligonucleotidi pirimidimici sono risultati stabili mentre la reazione di depurinazione, anche se lenta, avviene in oligonucleotidi contenenti basi puriniche. In questo contesto è stata messa a punto la sintesi di oligonucleotidi e di oligonucleotidi-3¿peptido coniugati contenenti come peptide un frammento ricco in leucina (leucin zipper domain). I risultati di questa ricerca sono stati presentati al ¿XVII-International Round table on nucleosides, nucleotides and nucleic acids ¿Settembre 3-7 2006 a Berna (Svizzera) e sono in corso di pubblicazione su Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids. Proseguendo con quanto iniziato e parzialmente concluso l¿anno precedente, un componente del nostro gruppo (S. Mazzini) anche questo anno trascorrerà un periodo a Barcellona dove si prevede di mettere a punto la sintesi di alcuni oligonucleotidi ¿ peptido coniugati (5¿TTT TTT TTT TG-3¿ e 5¿-CGT CTC GAG-3¿ coniugati con un tri e un ottapeptide Asn-Tyr-Leu e Gly-Thr-Ser-Lys-Leu-Asn-Tyr-Leu) , che riproducano segmenti di Topoisomerasi I per arrivare a una loro caratterizzazione mediante NMR e a studiare la loro interazione con alcaloidi quali derivati della campotecina e altri inibitori della Topoisomerasi I. Sarà inoltre messa a punto la sintesi di oligonucleotidi in doppia elica legati al alcaloidi (derivati della campotecina e della chindolina) con lo scopo di studiarne la conformazione tramite NMR nell¿ambito di una migliore comprensione dei meccanismi di azione per uno sviluppo di un razionale drug-design di nuovi agenti antitumorali.