Mutazioni nella regione BCP/precore/core del virus dell'epatite B e strutture secondarie dell'RNA pregenomico dell'HBV in pazienti con epatocarcinoma e controlli
Progetto Presupposti. Numerose mutazioni nel genoma dell¿HBV sono state associate con l¿epatocarcinoma (HCC) e implicate nel meccanismo di epatocarcinogenesi. Mutazioni nella regione precore (nt 1896) o basic core promoter ¿ BCP - (nt 1762/1764) alterano la sintesi e/o la concentrazione dell¿HBeAg. L¿RNA pregenomico nella regione precore presenta il segnale di incapsidazione epsilon con struttura secondaria a stem-loop. A seconda delle mutazioni dei nucleotidi 1762/1764 il Direct Repeat 1 del BCP può assumere strutture secondarie alternative probabilmente responsabili della regolazione fine della replicazione del genoma virale e del processamento post-trascrizionale.
Descrizione e Obiettivo della Ricerca. Tra il 1995 e il 2002 abbiamo arruolato in uno studio caso-controllo sull¿HCC 555 pazienti con prima diagnosi di HCC come casi e 1031 soggetti senza malattia di fegato come controlli. 104 casi (18,7%) e 52 controlli (5,0%) risultarono HBsAg positivi. 20 casi (3,6%) e 2 controlli (0,19%) risultarono sia HBsAg positivi che anti-HCV positivi. I modelli di struttura secondaria della regione BCP/precore/core saranno generati utilizzando i softwares Mfold versione 3.1 ed RNAdraw. Elementi strutturali conservati saranno generati con il software RNA Forester 2.0 e confrontati con quelli ottenuti con il software Alifold del Vienna RNA Package, che utilizza un differente algoritmo di folding rispetto a Mfold ed RNA Forester.
L¿obiettivo è di : 1) determinare la frequenza della mutazione al nucleotide 1896 nella regione precore e della doppia mutazione dei nucleotidi 1762/1764 nell¿elemento di regolazione BCP nei casi di HCC e nei controlli; 2) generare le strutture secondarie della regione BCP/precore dell¿RNA pregenomico di HBV ed individuare gli elementi strutturali conservati; 3) valutare la distribuzione delle differenti strutture secondarie nei casi di HCC e nei controlli, al fine di associare i vari elementi strutturali alla gravità della malattia.