Le alterazioni della cromatina nella patogenesi molecolare delle leucemie: un'analisi dal gene al genoma
Progetto La nostra conoscenza sulla dinamica molecolare delle modificazioni della cromatina durante la trascrizione ed altri fenomeni nucleari ha subito un drammatico ampliamento. In particolare, chiave è il ruolo giocato dallo sviluppo di nuove tecnologie per passare da un¿analisi limitata a singoli geni a quella su scala genomica. L¿obiettivo principale di questo progetto (continuazione di una proposta effettuata nell¿anno 2005) è di sfruttare sistemi modello basati sulle leucemie per condurre una analisi molecolare delle modificazioni della cromatina indotte da proteine di fusione oncogeniche (PML-RAR ed AML1-ETO). Questa analisi verrà condotta su geni bersaglio delle proteine di fusione, e si estenderà alle modificazioni su larga scala da loro indotte sulla architettura globale della cromatina.
Per poter effettuare tale analisi, abbiamo bisogno di sviluppare e/o ottimizzare una serie di metodologie sperimentali: 1) tecniche per lo studio su scala genomica delle modificazioni della cromatina (profilo genomico della accessibilià della cromatina ed analisi globale dei pattern di metilazione del DNA); 2) saggi per la determinazione di interazioni genomiche su larga scala (formazione di ¿DNA loop¿).
Queste metodologie verranno utilizzate per l¿implementazione di una serie di analisi meccanicistiche in condizioni predefinite: 1) geni bersaglio già noti per le proteine di fusione oncogeniche; 2) nuovi elementi regolatori per le proteine di fusione (contenenti o meno sequenze di DNA definibili come elementi di risposta canonici); 3) domini sub-cromosomici contenenti geni bersaglio per le proteine di fusione; 4) l¿intero genoma, per la identificazione di modificazioni della cromatina su larga scala e di nuove sequenze genomiche bersaglio.
Nel suo insieme, questa analisi apporterà un contributo significativo ed innovativo alla dissezione molecolare della partecipazione di pathway di modificazione della cromatina alla patogenesi molecolare dei tumori.