Sintesi e studi NMR di oligonucleotidi modificati e di loro complessi covalenti con sostanze a potenziale carattere antitumorale. Conformazione di peptidi in soluzione.
Progetto La possibilità che oligonucleotidi sintetici possano controllare l¿espressione dei geni ha spinto la ricerca verso la sintesi di nuovi oligonucleotidi. Gli oligonucleotidi-peptidi coniugati sono molecole chimeriche costituite da oligonucleotidi legati covalentemente a peptidi. In un programma di collaborazione con il gruppo del Prof. Ramon Eritjia dell¿Istituto di Biologia Molecolare di Barcellona, uno di noi (S. Mazzini) ha frequentato per un breve periodo il laboratorio spagnolo, concordando alcune linee di ricerca comuni. Ci si propone di sintetizzare alcuni oligonucleotidi-peptidi coniugati, che riproducan segmenti di Topoisomerasi I. La sintesi in programma utilizzerà la metodologia di protezione Fmoc. Quindi si prevede la sintesi automatica in fase solida di oligonucleotidi di differente sequenza legati tramite un gruppo fosfato al residuo tirosina dei peptidi precedentemente sintetizzati. Queste molecole chimeriche saranno caratterizzate mediante spettroscopia UV e NMR. Mediante NMR sarà anche determinata la loro conformazione in soluzione. Esse saranno utilizzate quali modelli del complesso topoisomerasi I / DNA, per studiare l¿interazione con camptotecine e con altri inibitori della topoisomerasi I.
Inoltre è in programma la sintesi di oligonucleotidi in doppia e/o tripla elica legati ad alcaloidi. La conformazione sarà studiata tramite NMR, allo scopo di conoscere le basi molecolari dell¿inibizione della topo I da parte delle camptotecine. L¿obiettivo finale della ricerca è diretto a portare un contributo alla comprensione del meccanismo di azione di queste molecole, per un futuro sviluppo di un razionale drug-design di nuovi agenti antitumorali.
Possibilmente sarà portata avanti l¿altra linea di ricerca che riguarda lo studio delle conformazioni in soluzione di peptidi. Si prevede di esaminare il peptide AGLTGGFYEPLVRRCSELAG, che costituisce il frammento E2 (279-298) della proteina E2 del virus della epatite G.