Identificazione di geni di suscettibilità per l'Autismo in aree candidate, con tecniche di genotipizzazione tramite chip DNA.
Progetto Reclutamento/selezione dei campioni clinici. In corso in collaborazione con altri centri di ricerca italiani. Il campione totale consisterà di 300 famiglie nucleari, ciascuna con almeno un figlio affetto da autismo, la cui diagnosi è posta secondo i criteri internazionali di routine.
Metodi e previsione di risultati: 1) Sceglieremo SNPs con una frequenza dell'allele minore >0.15, ad una distanza di 5Kb. Gli SNPs saranno selezionati da database pubblici (per es, HapMap Projecy: http://hapmap.org).
2) La mappa LD dei geni selezionati è ricostruibile grazie ai dati HapMap. Tramite il programma Haploview, verrà ricostruita la struttura dei blocchi e degli aplotipi e verranno identificati gli ht-SNPs. Soltanto gli ht-SNPs verranno genotipizzati nel campione per gli studi di associazione/LD, al fine di ridurre la perdita di informazione. Verranno così selezionati da 10 a 50 SNPs per gene (in media) sino a raggiungere il numero minimo di 384 SNPs necessari per la costruzione del microchip di genotipizzazione. Questo permette infatti di ottimizzare il rapporto costo-conoscenza, riducendo il costo di ogni singolo genotipo a circa 0,05 euro, per un totale di circa 21.000 Euro: 384 SNPs x 0,05 Euro/SNP [+20% IVA] * 900 casi e controlli = 20.736 Euro. Uno o due microchip da 384 SNPs (a seconda della possibilità del finanziamento) ci permetteranno di valutare le ipotesi di screening del nostro progetto in maniera sufficientemente esaustiva.
3) Metodica di genotipizzazione: Le genotipizzazioni saranno effettuate con metodica di microarray (chip) a DNA con l¿utilizzo della piattaforma Illumina, attualmente già a disposizione del nostro laboratorio. La tecnica di genotipizzazione proposta ha un¿affidabilità pari al 99,2% ed una sensibilità del 98%. In seguito alla selezione degli SNPs, Illumina provvede a generare e costruire il microchip, con controlli di qualità relativi alla specificità e riproducibilità del dato. Il chip viene poi utilizzato nel nostro laboratorio per generare i genotipi del campione in studio, utilizzando 250 ng di DNA per paziente / chip.
4) Per ogni gene è possibile procedere poi all'analisi di associazione, considerando ogni singolo SNP e gli aplotipi blocco-dipendenti.