Data di Pubblicazione:
2020
Citazione:
MRSAD-PHASING OF LARGE MACROMOLECULAR COMPLEXES / R. Pederzoli ; scientific tutors: T. R. Schneider, M. Bolognesi. Università degli Studi di Milano, 2020 Jan 31. 32. ciclo, Anno Accademico 2019. [10.13130/pederzoli-riccardo_phd2020-01-31].
Abstract:
L’obiettivo del presente lavoro di Tesi è lo studio sistematico del metodo MRSAD, un metodo di fasamento cristallografico che sta diventando sempre più un importante strumento nelle mani dei cristallografi, in particolare per quanto riguarda la risoluzione del crescente numero di strutture biologiche a elevato peso molecolare. Il metodo MRSAD è stato testato su diverse proteine a basso e medio peso molecolare e nel caso del proteasoma 20S umano, sfruttando la presenza di modelli depositati nel Protein Data Bank (PDB) che hanno reso possibile la comparazione e la valutazione dei risultati. L’applicabilità di una procedura generale per il fasamento e la costruzione di un modello nelle fasi MRSAD è stata studiata, cosí come l’effetto di procedure di “density modification”, la completezza dei modelli per Molecular Replacement, la loro accuratezza e la multiplicità dei dati cristallografici. I risultati ottenuti dall’analisi di dati relativi ad un’ampia varietà di sistemi modello permettono di ricavare conclusioni sulle potenzialità e sui limiti del fasamento attraverso MRSAD, e suggeriscono alcune linee guida per la sua applicazione al fine di massimizzare il suo successo. In aggiunta, il fasamento attraverso MRSAD è stato testato positivamente in due casi reali: il primo è rappresentato dall’uso di MRSAD per la risoluzione della struttura del primo recettore del glutammato di pianta. Il secondo riguarda invece l’impiego di MRSAD per il fasamento di antigeni attraverso l’impiego di nano-anticorpi (“nanobodies”) ingegnerizzati con una sequenza in grado di legare ioni di lantanidi, sviluppati recentemente all’interno del gruppo. Il lavoro di Tesi ha anche riguardato la determinazione di alcune strutture rimaste a lungo irrisolte. In questi casi, non è stato possibile ricorrere all’uso di MRSAD a causa della mancanza di dati con segnale anomalo, ed altre strategie di fasamento sono state impiegate. Ognuna delle strutture che è stata risolta rappresenta un caso difficile con le sue proprie peculiarità, ed un ampio spettro di strategie di fasamento e metodi di miglioramento delle fasi è stato impiegato per la loro risoluzione.
Tipologia IRIS:
Tesi di dottorato
Elenco autori:
R. Pederzoli
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