APPROCCI MOLECOLARI E BIOINFORMATICI INNOVATIVI PER STUDI DI EPIDEMIOLOGIA MOLECOLARE DEL MORBILLO NELL'AMBITO DEL WHO EUROPEAN REGION MEASLES STRATEGIC PLAN 2010-2020
Tesi di Dottorato
Data di Pubblicazione:
2020
Citazione:
APPROCCI MOLECOLARI E BIOINFORMATICI INNOVATIVI PER STUDI DI EPIDEMIOLOGIA MOLECOLARE DEL MORBILLO NELL'AMBITO DEL WHO EUROPEAN REGION MEASLES STRATEGIC PLAN 2010-2020 / G. Ciceri ; tutor: A. Amendola ; coordinatore del dottorato: C. La Vecchia. DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMEDICHE PER LA SALUTE, 2020 Jan 09. 32. ciclo, Anno Accademico 2019. [10.13130/ciceri-giulia_phd2020-01-09].
Abstract:
INTRODUZIONE. Il morbillo è una malattia esantematica estremamente contagiosa trasmissibile per via aerea causata da un virus della famiglia Paramyxoviridae, genere Morbillivirus. L’infezione spesso è causa di complicanze severe e decessi, è prevenibile con la vaccinazione e presenta i requisiti per l’eliminazione. L’Italia fa parte dei 12 paesi europei dove la trasmissione del morbillo è ancora endemica. Il Global Measles and Rubella Strategic Plan 2012 – 2020 ha fissato il goal di eliminazione del morbillo endemico nella Regione Europea dell’OMS. Per raggiungere tale obiettivo è necessario ottenere e mantenere coperture vaccinali elevate (>95%) e disporre di un sistema di sorveglianza sensibile e di qualità. La sorveglianza molecolare del morbillo è una componente chiave della verifica dell'eliminazione del morbillo endemico ed è uno strumento cruciale sia per stabilire eventuali link epidemiologici tra casi che si verificano nello stesso periodo in una determinata area geografica sia per identificare le possibili fonti di importazione. Con il progredire del programma di eliminazione, la diversità genetica dei ceppi di morbillo circolanti diminuisce. I continui viaggi aerei e la facilità di scambi tra i paesi favoriscono le importazioni in una determinata area geografica di varianti virali appartenenti allo stesso genotipo. In questo contesto, i tradizionali metodi di laboratorio non consentono di distinguere la trasmissione endemica da eventi di importazione delle stesse varianti virali. Con il progredire del programma di vaccinazione, inoltre, una quota sempre più alta di casi di morbillo si verifica in soggetti vaccinati. Le nuove e avanzate tecnologie devono quindi permette di ampliare le conoscenze su questi aspetti e consentire di identificare ceppi potenzialmente in grado di eludere la risposta immunitaria. SCOPO. Scopo del presente progetto di dottorato è quello di studiare e sorvegliare nel tempo l’epidemiologia molecolare del morbillo in vista dell’obiettivo di eliminazione, attraverso lo sviluppo e l’utilizzo di metodologie innovative molecolari e bioinformatiche. La ricerca pertanto si propone di combinare il metodo epidemiologico tradizionale con le tecniche molecolari e bioinformatiche che la nuova era offre. Un ulteriore obiettivo è stato quello di studiare casi confermati di morbillo in soggetti precedentemente vaccinati, al fine di valutare il fallimento vaccinale e identificare eventuali mutanti escape a livello del gene H. MATERIALI E METODI. Sono stati analizzati i campioni biologici provenienti da pazienti con diagnosi sospetta di morbillo raccolti nell’ambito della Sistema di Sorveglianza Integrata Morbillo e Rosolia della Regione Lombardia (rete MoRoNET), da marzo 2017 a luglio 2019. I campioni sono stati sottoposti a estrazione dell'RNA e a test di Real Time RT-PCR per l’identificazione del genoma del virus del morbillo. Tutti i campioni risultati positivi sono stati sottoposti a retrotrascrizione e a successiva amplificazione genica della regione N-450 del virus del morbillo mediante nested RT-PCR per la caratterizzazione genotipica. Campioni di interesse (N=50) sono stati sottoposti ad amplificazione del gene virale H mediante due emi-nested PCR e ad amplificazione dell’intero genoma attraverso l’utilizzo di specifiche coppie di primer per l’amplificazione di 10 frammenti parzialmente sovrapposti. Gli amplificati sono stati sequenziati e sono state analizzate filogeneticamente le sequenze N-450, N-450/H e l’intero genoma attraverso diversi programmi bioinformatici (ClustalX2, BioEdit, MEGA7) per le valutazioni filogenetiche. Lo studio dei casi vaccinati è stato condotto attraverso l’analisi dei dati sierologici ottenuti dal database del laboratorio di rife
Tipologia IRIS:
Tesi di dottorato
Keywords:
Measles virus; Surveillance; Measles hemagglutinin gene; Measles N-450 sequence; Measles genetic variability; measles WGS; Molecular surveillance; Molecular epidemiology; Measles vaccinated cases;
Elenco autori:
G. Ciceri
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